HDOCK 本地对接
把任务默认理解为“交付一个能复现的本地 HDOCK case 目录”，而不是只解释命令行。 优先留下可直接检查的输出目录、日志和模型文件。
默认工作流
先把请求归到下面两类之一：
- 从受体/配体 PDB 开始做完整对接
- 输入通常是两个 PDB 文件。
- 可选加入
rsite.txt、lsite.txt或restr.txt做约束。 - 先运行
hdock生成hdock.out，再运行createpl生成复合物模型。
- 已经有
.out文件，只需要导出模型
- 直接使用已有
hdock.out或同类输出。 - 跳过 docking，调用
createpl生成models.pdb。
默认优先使用 scripts/run_hdock_case.py，因为它会：
- 自动定位
hdock和createpl - 把输入复制进 case 目录
- 保存 stdout/stderr 日志
- 生成
run-summary.json
输入检查
开始前先确认：
- 受体和配体是否为 PDB
- 是否需要位点约束或残基约束
- 用户要的是原始打分结果、聚类后的 top pose，还是复合物模型
- 输出目录是否应该新建，避免覆盖已有结果
如果用户没有明确要求覆盖，优先创建新的 case 目录。
约束文件规则
只在用户明确提供或确认需要时传入约束文件。
rsite.txt：受体位点残基列表lsite.txt：配体位点残基列表restr.txt：受体-配体约束
当前仓库里 rsite.txt 的示例内容是 A:843，因此位点文件至少支持“一行一个链:残基号”的格式。
如果用户的约束文件格式不清楚，先检查现有文件内容，不要凭空生成。
推荐命令路径
完整对接默认命令链：
bashpython3 skills/hdock/scripts/run_hdock_case.py receptor.pdb ligand.pdb \ --output-dir runs/case1 \ --nmax 20
如果只从已有 .out 导出模型：
bashpython3 skills/hdock/scripts/run_hdock_case.py \ --hdock-out test.out \ --output-dir runs/from-out \ --nmax 20
如果 skill 不在 HDOCK 仓库内部，先指定二进制位置：
bashHDOCK_BIN_DIR=/path/to/HDOCKlite-v1.1 \ python3 skills/hdock/scripts/run_hdock_case.py receptor.pdb ligand.pdb --output-dir runs/case1
输出约定
交付时优先说明这些文件：
hdock.out：原始 docking 输出models.pdb：createpl导出的模型inputs/：复制后的输入文件hdock.stdout.log/hdock.stderr.logcreatepl.stdout.log/createpl.stderr.logrun-summary.json
如果用户只要求原始打分，不要额外声称模型已经过生物学验证。
资源
- 命令和文件约定：
references/command-reference.md - 稳定执行脚本：
scripts/run_hdock_case.py
