Unidock Pro

UniDock-Pro 虚拟筛选

把任务默认理解为“交付一个可复现的 UniDock-Pro 运行结果”，不要只解释命令行。 优先使用 scripts/run_unidock_case.py、scripts/make_ligand_index.py、scripts/analyze_unidock_results.py，避免临时手写长命令。

默认工作流

1. 先读 references/local-setup.md，确认目标机器上的仓库、二进制、conda 环境和文档偏差。
2. 判断任务属于 pure docking、similarity searching、hybrid 三类之一。
3. 先检查 build/udp 是否可直接运行；如果不可运行，再切到 unidock-pro 环境，必要时按本地构建指引重建。
4. 明确搜索框中心、搜索框尺寸和 --search_mode。--search_mode 必须显式设置，不允许省略；如果用户没有明确说用哪一个，每次都先问，不得替用户默认选择。
5. 优先通过 scripts/run_unidock_case.py 执行，不要直接手写一长串 udp 参数。
6. 如果用户只有配体目录，没有索引文件，先运行 scripts/make_ligand_index.py。
7. 运行结束后，用 scripts/analyze_unidock_results.py 汇总 *_out.pdbqt，给出排序结果和输出路径。

输入判定

把请求先归到下面三类之一：

1. pure docking

• 有 receptor
• 没有 reference_ligand
• 典型目标是经典结构对接

2. similarity searching

• 有 reference_ligand
• 没有 receptor
• 典型目标是基于已知活性配体做相似性筛选

3. hybrid

• 同时有 receptor 和 reference_ligand
• 典型目标是结合受体结构和参考配体做联合筛选

配体输入只选一种：

• ligand_index
• ligand_dir

如果用户同时给了两种来源，先收敛成一种再运行。

快速入口

优先使用脚本入口：

bashCopy code
python3 scripts/run_unidock_case.py \
  --mode docking \
  --receptor /path/to/receptor.pdbqt \
  --ligand-index /path/to/ligand_index.txt \
  --center-x 32.79 --center-y 38.34 --center-z 58.49 \
  --size-x 28 --size-y 28 --size-z 28 \
  --search-mode <用户确认的模式> \
  --output-dir /path/to/results

如果用户只有配体目录：

bashCopy code
python3 scripts/make_ligand_index.py /path/to/ligands /path/to/ligand_index.txt

结果汇总入口：

bashCopy code
python3 scripts/analyze_unidock_results.py /path/to/results /path/to/docking_results.csv --top-n 50

环境与构建

本 skill 依赖目标机器上的 UniDock-Pro 安装事实，不要凭空假设新机器布局。

• 先尝试直接运行 /path/to/UniDock-Pro/build/udp
• 如果直接运行失败，再尝试 conda activate unidock-pro
• 如果 conda activate 不方便，再回退到 /path/to/conda-envs/unidock-pro

如果二进制不存在或不可执行，优先按 references/local-setup.md 中的构建步骤重建。

防呆规则

• 强制显式传入 --search_mode
• 如果用户没有明确指定 fast、balance 或 detail，必须先询问，再运行；不要根据任务规模或习惯自动选
• 文档里常见的 --ligand_directory 不要直接照搬；当前源码真实参数是 --ligand_dir
• 源码接受 balance/balanced 与 detail/detailed，与用户确认时统一使用规范写法 fast、balance、detail
• hybrid 模式里的 reference_ligand 必须是与受体对应的共晶姿态；如果用户没有明确说明，先提醒这个前提
• 批量运行时总是传入新的输出目录，避免把不同任务的 *_out.pdbqt 混在一起

输出约定

交付时优先说明这些内容：

• 实际运行模式
• 实际调用方式：直跑二进制、conda activate unidock-pro，还是环境前缀回退
• 输出目录
• 生成的 *_out.pdbqt
• 汇总 CSV 路径
• 任何关键前提，例如 hybrid 模式共晶参考配体的假设

资源

• 本地路径、环境和文档偏差：references/local-setup.md
• 三类任务的命令模板和输出约定：references/workflows.md
• 统一运行入口：scripts/run_unidock_case.py
• 配体目录转索引：scripts/make_ligand_index.py
• 结果排序与 CSV 汇总：scripts/analyze_unidock_results.py